就在这时，林延的奏章抵京师。

    被杀御史吕毓昌追赠参政衔，以三品官之礼葬，朝廷于其家乡表彰其忠节。

    右布政使董汝汉调广东右布政使。

    天准予致仕。

    河总督李华等其余官员尽数罚俸。

清算张党的李植等御史这一边。

    天召三辅臣至乾清阁问：“河南大灾，小民不得安生，其罪乃关于吏弊，或是朕德不修？”

    天：“太后说憨山大师有言，朕即位以来，虽是天太平，但对官员惩罚不免太重，昔日张江陵之案，因言官弹劾不休，牵涉太多官员，官员们人心惶惶，以至朝纲动摇，故而天才有这么多灾害。朕反思再三，打算恩抚天。”

    于是申时行退后拟旨，天御览后昭告天。

    当时议论经过外人不得而知，只是后世申时行所撰的文章中窥得一丝半。

    追究当初丘橓抄没张家的奏章络绎不绝，与李植等御史形成骂战。

    申时行对，“臣等窃见近年以来，并非河南一地，各奏报灾伤，如陕西亢旱、江南大、江北又有蝗虫。但河南黄河冲决，委的灾伤重大。皇上圣德方隆，岂宜有此？这是臣等奉职无状所致。臣等自当痛加修省外，整治吏弊。”

    指使杀人的原归德府同知，勒令自尽。

    申时行对：“有司为民父母，若是贪赃坏法，百姓不得安生，自当问责有司。臣有一愚之得，河南百姓于火之中，严惩贪官污吏并非治本之，若要救百姓，平息民怒在于蠲免，在于赈济。”

    丘橓破案有功，增俸一秩，林延禀案有功，赐银百两。

    谋害御史吕毓昌的三位仆，伪造假证的仵作等一律秋后问斩。

    林延奏章一上，本是磨磨蹭蹭一个月多的三法司会审官员立即神抖擞，上有了结论。归德府知府，同知为首犯，但河衙门，及其余官员虽有失职之，却并非大罪。

    天容稍宽曰：“丘橓参劾河官员贪墨，不恤百姓。这些官员当如何置？”

    包庇纵容的归德府知府籍没家财，刺放辽东，遇赦不赦。

    申时行：“圣见明，切时弊。臣等不胜仰服。容臣等撰拟手敕，上请圣裁施行。”

    但官员得得失失，并非如此简单，这一次申时行与言的锋，最后言败北，申时行大获全胜。申时行保住了相位，赢得天信任，并博得宽大之名。

    申时行府上一时间车不绝，官员们都上门求申时行面，在天面前保河南官员。

    而丘橓虽被天嘉奖，但遭众官员弹劾，清名尽毁，向天请求辞官。

    林延奏章弹劾原归德府知府，同知主谋了御史被刺之案，河衙门监督不利，至沿河府县河工敷衍，除此二外，于河南其他官员一字不提，等同于保了这些官员。

    于是天召三辅臣议事，最后商议此案。

    天：“可。”

    最后天重申，不许言官再拿张居正案说事，御史李植，江东之，羊立可等尽罚俸一年。

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